Založenie Kjóta sa datuje do roku 794, keď bolo na jeho mieste postavené mesto Heiankjó alebo „metropola pokoja a mieru“. Mesto sa stalo sídlom japonského cisárskeho dvora a neskôr dostalo názov Kjóto. V minulosti ho postihlo niekoľko prírodných katastrof, napríklad zemetrasenia a záplavy spôsobené riekou Kamo. V týchto ťažkých časoch sa miestni obyvatelia začali obracať s modlitbami k bohom a vzniklo mnoho rituálov a slávností, ktoré sa v meste dodržiavajú dodnes. V rokoch 1467 až 1477 došlo k občianskym nepokojom, ktoré sa stali známymi ako Ónin. Od 17. do 19. storočia Kjóto súperilo s Tokiom ( vtedajším mestom Edo) o moc. V roku 1868 však definitívne stratilo pozíciu hlavného mesta Japonska a cisár sa presťahoval do Tokia.
Kjóto bolo počas druhej svetovej vojny veľmi ohrozené, keď bolo zaradené na zoznam miest, na ktoré chceli Spojené štáty zhodiť atómovú bombu. Našťastie, vďaka svojmu veľkému kultúrnemu významu bolo nakoniec zo zoznamu vyňaté. Stalo sa jedným z mála japonských miest, v ktorých možno dodnes vidieť predvojnové stavby, ako sú tradičné drevené mestské domy známe ako „mačija“. Ide o klasické ľudové stavby, ktoré pochádzajú z obdobia Heian. V týchto domoch kedysi bývali najmä obchodníci a remeselníci. Dnes tieto domy predstavujú japonskú ľudovú architektúru.